События сериала «Звёздные врата: Атлантис» развиваются из «неоднозначного финала» седьмого сезона «Звёздные врата SG-1» «Потерянный город» и премьерного фильма восьмого сезона «Новый Порядок». Премьерным эпизодом «Атлантиса» стало двухсерийное «Пробуждение», выполненное в виде фильма, гостевыми звездами в нем были Ричард Дин Андерсон, Майкл Шанкс и Роберт Патрик. «Атлантис» изначально задумывался как замена «Звёздным вратам SG-1» — которая должна была начаться после окончания седьмого сезона и показа второго фильма. Однако было принято решение продлить SG-1 на восьмой сезон, запланированный фильм превратился в эпизод «Потерянный город», а действие «Атлантиса» было перенесено в галактику Пегас.
После того, как доктору Дэниелу Джексону удалось обнаружить адрес Затерянного города Древних, доктор Элизабет Вейр собрала международную экспедицию для его исследования. Вот только проблемой оказалось, что Атлантис находился в галактике Пегаса, и на Земле был только один источник энергии, способный создать червоточину туда — МНТ (Модуль Нулевой Точки, Zero Point Module — источник питания Древних, черпающий энергию из искуственно создаваемой им области подпространства-времени, самый мощный из всех известных землянам генераторов энергии). Таким образом, изначально предполагалось, что если в Атлантисе не будет найден другой МНТ, то это будет путешествие в один конец.